Простая электронная подпись формируется с использованием кодов и паролей и чаще всего применяется для авторизации на интернет-сайтах и порталах, в мобильных приложениях.

Усиленная неквалифицированная электронная подпись (УНЭП) — это аналог собственноручной подписи на бумажном документе, её можно применять для любых типов документов, за исключением тех, которые оформляются только на бумажном носителе. Усиленная квалифицированная электронная подпись (УКЭП) используется в любых юридически значимых электронных действиях и сделках, за исключением случаев, когда документы должны быть подписаны только на бумаге.

Ключ простой электронной подписи не требует записи на внешний носитель.

Ключ электронной подписи для создания неквалифицированной электронной подписи чаще всего хранится в централизованном защищённом носителе (облачная подпись), но может быть записан на любой носитель, в том числе и на специальный — токен.

Для получения возможности подписания документа квалифицированной электронной подписью необходимо на рабочее место (компьютер) установить и настроить лицензионное программное обеспечение — сертифицированное средство криптографической защиты информации (СКЗИ). Далее процесс подписания зависит от того, какой документ нужно подписать.

Чтобы руководитель компании не выпустил несколько сертификатов подписей и не отдал токены сотрудникам, государство с 2022 года ограничивает количество ЭП у директора.
Глава организации может получить единственный сертификат, который нельзя скопировать.
На сотрудников и их сертификаты электронной подписи такие ограничения не распространяются — они могут получить несколько сертификатов для разных задач или устройств.

Общей базы не существует, так как при подписании нет обязанности где-то регистрировать документ. Часто организации контролируют этот процесс — например, приглашают сотрудников в общую информационную систему электронного документооборота, через которую отслеживают все действия.